Winnyzja liegt im Osten der podolischen Landschaft, in der West-Zentralukraine. 1941 eroberte die Wehrmacht Winnyzja und begann mit der Selektion und Ermordung der jüdischen Bevölkerung der gesamten Region.
Das Museum zur Erinnerung an die Opfer des Holocaust wurde im November 2008 in einem kleinen Zimmer in der Winnyzjaer Abteilung der jüdischen Agentur „Sochnut Ukraine“ mit Unterstützung des Museums „Yad Yaschem“ und „Sochnut“ unter Mithilfe der stellvertretenden Direktorin des Winnyzjaer Staatlichen Archives F.A. Winokurowa eröffnet.
Mehr als 500 Exponate wurden vom Leiter des Museums L.Trachtenberg und einigen freiwilligen Helfern (Z.A Krasner, W. Y. Rader, E.G. Freidisman, K. Kaplun, K. Baklanow, T. Rafalowska u.a.) zusammengetragen. Die Exponate wurden von ehemaligen KZ- und Ghettohäftlingen, Gerechten unter den Völkern, Schriftstellern, Künstlern aus aller Welt gestiftet.