Die Gestaltung der Flagge geht zurück auf den jüdischen Gebetsschal Tallit; Blau und Weiß sind die Farben jüdischer Ritualkleidung. Wolffsohn erläuterte 1897 den Entwurf:[1]
“At the behest of our leader Herzl, I came to Basle to make preparations for the Zionist Congress. Among many other problems that occupied me then was one which contained something of the essence of the Jewish problem. What flag would we hang in the Congress Hall? Then an idea struck me. We have a flag — and it is blue and white. The talith (prayer shawl) with which we wrap ourselves when we pray: that is our symbol. Let us take this Talith from its bag and unroll it before the eyes of Israel and the eyes of all nations. So I ordered a blue and white flag with the Shield of David painted upon it. That is how the national flag, that flew over Congress Hall, came into being.”
„Auf Geheiß unsres Anführers Herzl kam ich nach Basel, um Vorbereitungen für den Zionistischen Kongress zu treffen. Unter den vielen Problemen, die mich damals beschäftigten, war eines, das in gewisser Weise das Wesen des jüdischen Problems in sich barg: Welche Flagge würde in der Kongresshalle hängen? Da durchfuhr mich eine Idee: Wir haben eine Flagge – und die ist blau und weiß. Der Tallit, den wir um uns wickeln, wenn wir beten: das ist unser Symbol. Lass uns diesen Tallit hervornehmen und vor den Augen Israels und aller Völker entrollen! Also bestellte ich eine blauweiße Flagge, auf die der Davidstern gezeichnet wäre. Und so entstand die Nationalflagge, die über der Kongresshalle wehte.“
Oft wird fälschlich angenommen, dass die beiden blauen Bänder zwei der vier Mauern des Zweiten Tempels oder die Ost-/Westbegrenzung des Staates Israels (Mittelmeer und Totes Meer/Jordan) symbolisieren. Die ebenfalls unzutreffende Behauptung, die blauen Bänder symbolisierten die Flüsse Nil und Euphrat, wird manchmal von arabischer Seite vertreten, um Israel ein Großmachtsstreben nachzusagen (vgl. Ex 23,31 EU : „Und ich will deine Grenze festsetzen von dem Schilfmeer bis an das Philistermeer und von der Wüste bis an den Euphratstrom. Denn ich will dir in deine Hand geben die Bewohner des Landes, dass du sie ausstoßen sollst vor dir her“).
Bis zum Ersten Weltkrieg gehörte die Region Palästina zum Osmanischen Reich. Nach der Besetzung Palästinas durch britische Truppen im Jahr 1917 wurde der Union Jack die offizielle Flagge des Völkerbundsmandatsgebiet Palästina (1922–1948), da Großbritannien die Mandatsmacht war. Ab 1926 gab es außerdem einen Blue Ensign mit einer weißen Scheibe, worin Palestine customs stand. Dieser wurde von den Zollbehörden verwendet. Ab 1927 gab es zusätzlich noch einen Red Ensign für Schiffe, welche im Mandatsgebiet registriert waren. Wie der Blue Ensign führte auch dieser eine weiße Scheibe, in welcher allerdings nur Palestine stand. 1929 wurde das Wort customs aus dem Blue Ensign entfernt. Diese Flaggen blieben bis zum Ende des Völkerbundmandats 1948 in Gebrauch.
Mit der Gründung Israels am 14. Mai 1948 wählte dessen Regierung die Flagge vom Zionistenkongress 1897. Da parallel zur Israelischen Unabhängigkeitserklärung jedoch der Palästinakrieg stattfand, waren aufgrund der, daraus resultierenden, Wirren mehrere Variationen in Gebrauch. Die „Tintenflagge“, die durch ein ikonisches Foto bekannt wurde, war eine der berühmtesten davon. Sie wurde zum Ende des Palästinakriegs 1949 in Eilat gehisst.